Die Silberne Kapelle als Begräbnisort Erzherzog Ferdinand II. ließ das Grabmal Kaiser Maximilans I. und die Hofkirche vollenden. Er gab auch den Auftrag zum Bau einer Grabeskirche für sich und seine erste Gattin Philippine Welser als Anbau an die Hofkirche. Diese Silberne Kapelle befindet sich über dem Franziskanerbogen. 1578 war die erste Kapelle, erbaut durch den Hofbaumeister Hans Lucchese, fertig. In einer der beiden Nischen links befindet sich das Grab von von Ferdinands erster Gattin Philippine Welser, ein Werk von Alexander Colin. Auf dem Hochgrab liegt die lebensgroße Figur der Toten auf einem Teppich. Das Gesicht ist porträtgetreu dargestellt. Die zweite Nische ist leer und sollte vermutlich den toten Erzherzog aufnehmen. In dieser hängen die Bildnisse des Bildhauers Alexander Colin und seiner Gattin Maria Vlieschauer, darüber der Totenschild des Erzherzogs mit den Wappen der 26 habsburgischen Erblande, dem österreichischen Bindenschild, dem Goldenen Vlies und dem Erzherzogshut. 1586/87 erfuhr die schon bestehende Kapelle eine zweijochige Erweiterung gegen Süden, ausgeführt von Albert Lucchese, Sohn von Hans. An der Westseite bestehen zwei kleine vergitterte Oratorien und zwei rechteckige Portale. Die Ostseite besitzt zwei große Nischen, eine wird vom Grabmal des Erzherzogs, die andere von der reich verzierten Orgel eingenommen. Der Altar mit den Silberreliefs hat der Kapelle den Namen gegeben. Der Schrein und die inzwischen verschwundenen Flügel gehen auf den Hoftischler Konrad Gottlieb zurück. Das Elfenbein und das Ebenholz geben dem Altar eine sehr würdige Note. Die in Silber getriebenen Reliefs zeigen Szenen aus der Lauretanischen Litanei (Marienlob), das Zentrum bildet eine Madonna. Das Grabmal des Erzherzogs, das er sich noch zu Lebzeiten errichten ließ, besteht aus schwarzem Trientiner und weißem Ratschingser Marmor aus der Gegend von Sterzing. Das Wappen des Erzherzogs setzt sich aus bunten Marmorsteinen zusammen. Die Künstler sind Alexander Colin und sein Sohn Abraham sowie der niederländische Bildhauer Roman Vlieschauer der Jüngere. Ganz ungewöhnlich ist, dass die Gestalt des Toten am Boden liegt. Die hohe Nische ist mit schwarzen Marmorplatten verkleidet. Den mittleren Teil nehmen vier Reliefs aus weißem Sterzinger Marmor ein, die Szenen aus dem Leben des Toten zeigen. Zum Grabmal gehören noch verschiedene Erinnerungsstücke wie der Totenschild des Erzherzogs (befindet sich in der älteren Kapelle) und sein Feldküriss auf dem Podest. Die vordere und die hintere Kapelle sind durch ein Gitter getrennt, das auf 1588 zurückgeht.